За умов надзвичайної ситуації:

Центр по-суті є оперативним штабом органу управління охороною здоров’я з ліквідації медико-санітарних наслідків надзвичайних ситуацій. Він забезпечує підготовку робочих документів і рішень, аналізує медичні аспекти наслідків в осередку надзвичайної ситуації і на адміністративній території взагалі, забезпечує зв’язок зі штабом цивільного захисту, реалізує введення в дію Плану медико-санітарного забезпечення населення за умов надзвичайних ситуацій.

Центр направляє у район надзвичайної ситуації своїх представників у складі оперативної групи органу управління охорони здоров’я та спеціалізовані формування Служби, які передбачені Планом медико-санітарного забезпечення населення за умов надзвичайних ситуацій.

Якщо наслідки надзвичайної ситуації з їх ліквідації перевищують можливості Служби територіального рівня, це є підставою для вводу в дію Плану медико-санітарного забезпечення населення державного рівня.

В системі планування медико-санітарного забезпечення населення адміністративної території за умов надзвичайної ситуації Центри займають провідне місце. За їх планами, затвердженими керівництвом адміністративної території, здійснюється розподіл необхідних резервів між закладами охорони здоров’я, розробляється система медичного постачання формувань і закладів Державної служби медицини катастроф .

Професійно та якісно складений План дозволяє ще в повсякденних умовах врахувати та підготувати необхідні медичні кадри, накопичити і тримати в готовності до використання резерви санітарно-гігієнічного, медичного та спеціального майна, сприяє оперативному використанню всіх можливостей адміністративної території, завчасному прийняттю рішень щодо необхідності залучення допомоги ззовні та резервів державного рівня Державної служби медицини катастроф .

План медико-санітарного забезпечення населення при надзвичайній ситуації підписується керівником Центру, погоджується з зацікавленими органами управління, розглядається на засіданні територіальної координаційної комісії і затверджується керівником органу управління охорони здоров’я адміністративної території.

До структури Центрів обов’язково мають входити склади нормативно визначених територіальних оперативних резервів медикаментів, медичної апаратури, інструментів, майна тощо. Центри накопичують майно, яке складає основну частину територіального оперативного резерву.